Через 2 года после того, как командор Шепард отразил вторжение Пожинателей, у рода людского появился новейший противник. На окраинах обитаемого космоса кое-кто понемногу истребляет колонии жителей нашей планеты. Чтоб затормозить надвигающуюся опасность, Шепарду светит сотрудничать с сетью Цербер - жестокой организацией, провозглашающей выживание человечества хоть какой ценой.
Для исполнения данной серьезной миссии Шепард обязан подобрать чрезвычайно сильную команду и принять командование самым мощнейшим космическим кораблем в галактике. Но даже с таковыми ресурсами большинство считает его затею безнадежной. Командор Шепард обязан доказать скептикам, что они заблуждались.