Герой, прославившийся более двадцати лет назад в игре Bionic Commando образца 1988 года, возвращается! Судьба безжалостно обошлась с Натаном Спенсером. Одержав тяжелую победу над врагами своего государства, он оказался не нужен собственному правительству. Более того, власти увидели в Натане угрозу и решили избавиться от него — воина обвинили в преступлениях, которых он не совершал, и приговорили к смерти.

История в игре начинается 21 января 1968 года, когда бомбардировщик B-52G с четырьмя термоядерными бомбами на борту терпит крушение в Арктике, недалеко от авиабазы Thule.

История в игре начинается 21 января 1968 года, когда бомбардировщик B-52G с четырьмя термоядерными бомбами на борту терпит крушение в Арктике, недалеко от авиабазы Thule.