Действие игры "S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти" происходит по окончанию событий игры "S.T.A.L.K.E.R." и ликвидирования Стрелком проекта "О-Сознание". Получив информацию об открытии дороги в центр Зоны, правительство принимает решение провести полномасштабную военную операцию с целью установить над ЧАЭС свой контроль. Операция присваивается кодовое название "Фарватер" В соответствии с планом данной операции, 1-ая группа военных направляется для проведения воздушной разведки местности, с тем чтобы потом составить подробные планы расположения не нормальных зон. После этого по помеченным безопасным проходам выслать главные силы военных. Невзирая на основательную подготовку, эта операция терпит поражение. Подавляющее большая часть вертолетов из ударной группы терпят крушение. Для сбора инфы о том почему операция провалилась, служба безопасности Украины посылает собственного агента в самый центр Зоны. Дальнейшее развитие сюжета зависит от игрока.м