Действие игры происходит в созданном Альбертом Эйнштейном параллельном мире в 1971—1972, продолжая сюжетную линию Союзников из оригинального Red Alert. Как и в её предшественнике, противоборствующими сторонами в игре являются Советский Союз и Союзники, помимо того, некоторые отряды и строения идентичны оригинальным из первого Red Alert, а некоторые — несколько изменились (так, мамонт-танк был превращён в танк «Апокалипсис»). По сравнению с предыдущей серией, в игре улучшены графика и мультиплеер.

Закованные в броню медведи десантируются на парашютах, артиллерия обстреливает вражеские войска живыми солдатами, в небо поднимаются стилизованные под акул дирижабли. Это не бредовый сон, это - Red Alert 3! Уникальная стратегия триумфально возвращается! СССР и США вновь сошлись в абсурдной войне, где разрушительные битвы щедро приправлены здоровым юмором. В борьбе за мировое господство теперь участвуют не только Союз и Штаты, но также Япония...