Red Faction Guerrilla повествует о событиях, произошедших спустя 50 лет после финала второй части игры. К 2125 году Марс окончательно освоен и приспособлен к жизни, на Земле же подходят к концу запасы ископаемых ресурсов. Земные корпорации ставят марсианских колонистов в нечеловеческие условия существования и работы, Силы Обороны Земли (СОЗ) вместо союзников становятся карателями и полицией. Массовые аресты и жестокое подавление акций протестов приводят к тому, что «Красная Бригада» возрождается. Не забыт и старый девиз - «Лучше красный, чем мертвый!»

Ночь Тысячи Трупов - это динамичный экшен, действие которого происходит в мрачном городке, кишащем толпами голодных зомби.

Спустя три года после событий оригинальной игры, происходивших в Черноруссии, в Зеленоморском регионе появилась новая горячая точка: на этот раз вооруженный конфликт вспыхнул в Такистане. В охваченную войной среднеазиатскую республику направлен ограниченный контингент вооруженных сил США и НАТО с целью быстрого восстановления порядка и предотвращения дальнейших жертв среди мирного населения.