Игра является приквелом Deus Ex. Её действия будут развиваться в 2027 году (действия оригинальной игры развивались в 2052 году). Главного героя зовут Адам Дженсен, и он работает в службе безопасности корпорации Sarif Industries, мирового лидера по производству имплантатов для людей. Под прикрытием толпы, выступающей против аугментации, на штаб-квартиру компании в Детройте совершается организованное нападение. Неизвестные киберусовершенствованные агенты провоцируют полицию, сдерживающую беспорядки, открыть огонь по бунтующим людям.