После трагического события, имея на плечах восьмилетнего сына и молодую ассистентку Элизабет, Доктор Апокалипсис (как его прозвали коллеги) скрылся от всего мира в построенном им бункере.

Действие игры происходит в созданном Альбертом Эйнштейном параллельном мире в 1971—1972, продолжая сюжетную линию Союзников из оригинального Red Alert. Как и в её предшественнике, противоборствующими сторонами в игре являются Советский Союз и Союзники, помимо того, некоторые отряды и строения идентичны оригинальным из первого Red Alert, а некоторые — несколько изменились (так, мамонт-танк был превращён в танк «Апокалипсис»). По сравнению с предыдущей серией, в игре улучшены графика и мультиплеер.

Игра С.T.A.Л.K.E.Р.- "Апокалипсис" - Наследство Коллекционера/S.T.A.L.K.E.R. - "Apocalypse"- Inheritance of Collector начинается с того момента где закончилась предыдущая версия игры Зов Припяти.

Стрелок возвращается из Зоны с военными (оконцовка Зова Припяти) и опять оказался на Кордоне. Новые и старые персы, новые группировки и новейшие приключения Стрелка в Зоне полного отчуждения.

В 2011 году разразилась Третья мировая война. Лишь немногим удалось укрыться в глубоких бункерах на военных базах и выжить после ядерного апокалипсиса.2035 год. Почти двадцать лет люди влачат существование в подземных убежищах. Когда страх смерти притупился, воспоминания о прошлой жизни обострились, а заточение стало невыносимым. Нечастные все сильнее страдают от приступов клаустрофобии, тяжелый сон превратился в кошмар наяву…

Прогресс - непрерывное движение в гору и выше, к звёздам. Пусть это ковAрная дорога, но история земной цивилизации утверждает, что нет такой опасности, перед которой бессильны наука и разум. Лишь в XXI веке, с началом колонизации солнечной системы, люди осознали, насколько они заблуждались. Рядом с Плутоном был обнаружен странный объект.