Игра является приквелом Deus Ex. Её деяния будут развиваться в 2027 году (деяния уникальной игры развивались в 2052 году).
Главного героя зовут Адам Дженсен, и он работает в службе сохранности корпорации Sarif Industries, мирового лидера по производству имплантов для людей. Под прикрытием толпы, выступающей против аугментации, на штаб-квартиру компании в Детройте совершается организованное нападение. Неизвестные киберусовершенствованные агенты провоцируют полицию, сдерживающую беспорядки, открыть огнь по бунтующим людям. В ходе атаки гибнет много тех, кого герой должен был защищать.
Вероятная цель штурма — срыв исследования, которым в данный момент занимались ученые Sarif Industries. Сам Адам был чрезвычайно покалечен. Чтобы выяснить, кто стоит за нападением, Адам проходит процедуру вживления имплантов (были изменены руки и интегрированы искусственные зрачки) и начинает собственное расследование.